Проти був лише один депутат, п’ятеро утримались, 295 проголосували “за”. Проігнорував голосування 51 обранець.
Шкарлет став одним з тих міністрів, кому легше було звільнитися, ніж бути призначеним на посаду. Шкарлета не вдалося зразу призначити міністром, із червня 2020 року він був в.о. міністра. У грудні 2020 року ледве знайшли 226 голосів.
За часів президента Януковича Шкарлет долучився до “Партії Регіонів”, а за Порошенка – до його президентського блоку.
Призначенню на посаду міністра Шкарлета передували акції протесту та звинувачення у науковому плагіаті.
Національне агентство із забезпечення якості вищої освіти згодом таки виявило плагіат у чотирьох роботах Сергія Шкарлета. Також ресурс false-science.ucoz.ua оприлюднив висновки, що плагіат був не лише у докторській дисертації Шкарлета, але й був системним при захисті дисертації в галузі економічних наук у Чернігівському національному технологічному університеті, де Шкарлет працював ректором.
Попри це, в.о. міністра наполягав, що плагіату в його роботах немає.
Окрім плагіату, Шкарлет фігурував у скандалі з купівлею дорогого авто. Наявність кількох елітних автівок і грошових заощаджень, щодо яких у депутатів виникли запитання, пояснював ректорською зарплатою. Втім, навіть зарплатня ректора у приватному виші була непорівнянна з витратами Шкарлета.
Саме за головування МОН Шкарлетом, Ілля Кива зміг здобути науковий ступінь, а викладачка Національного педагогічного університету імені Михайла Драгоманова Євгенія Більченко публічно розкритикувала перехід сфери обслуговування на українську мову і державну політику загалом. Обох з їх позицій потім посунули, але лише під тиском громадськості.
Так само через реакцію громадськості сталося звільнення заступника міністра освіти і науки Ігоря Гарбарука після відрядження до Львова і фото з помічницею у відвертому вбранні. Все це начебто безпосередньо до Шкарлета не відносилось, але саме за його головування такі вчинки підлеглі вважали за норму.
За час керівництва Шкарлетом міністерства планувалось реорганізувати директорати, які створили за допомоги Євросоюзу. Україна отримала попередження від ЄС про можливе згортання фінансування реформи освіти.
У вересні 2020 року стався скандал, коли в. о. міністра освіти направив уряду подання на призначення батьку Володимира Зеленського наукової пенсії. Тоді уряд не підтримав пропозицію міністра.
У лютому 2022 року Шкарлет наразився на критику після того, як МОН оголосило новий конкурс на посаду президента НаУКМА. З вимогою відставки Шкарлета студенти знову вийшли на акції протесту.
З початком повномасштабної війни МОН закидали, що саме міністерство не впоралося з евакуацією іноземних студентів, що сприяло хаосу на кордонах, а також із розв’язанням їхніх проблем з продовженням освіти в Україні.
Також МОН закидали неспроможність організації навчання дітей на окупованих територіях. За інформацією освітнього омбудсмена Сергія Горбачова, робоча група ще влітку розробила та передала в МОН проєкт алгоритму дій щодо доступу до української освіти з окупованих територій. Ні запропонований робочою групою, ні інший план дій оприлюднений так і не був.
Замість Сергія Шкарлета міністерство можуть очолити директор Малої академії наук, доброволець 95-ї бригади Десантно-штурмових військ Оксен Лісовий, держсекретарка МВС, докторка педагогічних наук Інна Ящук або ж народна депутатка від “Слуги народу” докторка юридичних наук Юлія Гришина.